石榴麻皮病病菌在土壤中越冬。在感染一期结束后，病菌会将其孢子存储在土壤中，等待下一个生长季节的到来。因此，石榴种植者需要注意不要在同一块土地上种植石榴或其他感染了石榴麻皮病的作物，以避免病菌的传播和越冬。

石榴麻皮病病菌在植株残体上越冬。当石榴植株发生感染后，可能会有部分植株残体留存在石榴园中。这些残体是病菌越冬的重要来源之一，因此石榴种植者需要及时清理这些残体，以防止病菌在下一个生长季节发生感染。

石榴麻皮病病菌在病果上越冬。如果石榴果实已经感染了病菌，那么病菌会在果实上越冬，并随着果实的腐烂而释放孢子。因此，石榴种植者需要注意果实的管理，及时清理已经感染的果实，以避免病菌的传播和越冬。