小麦抽穗期要注意防治小麦赤霉病。小麦赤霉病是小麦抽穗期最主要的病害之一，一旦发生会给小麦生产带来很大损失。预防小麦赤霉病的方法主要是采用防病品种、留种清理、旋作、深翻土壤、施肥等措施。

小麦抽穗期还要注意防治小麦条锈病、小麦镰刀菌病、小麦褐条锈病等病害。这些病害也是小麦抽穗期常见的病害，一旦发生也会给小麦生产造成很大影响。预防这些病害的方法主要是采用防病品种、生长调控、除草、肥料合理施用等措施。

小麦抽穗期也需要注意防治小麦芒萁蚜、小麦蚜虫、小麦斑潜蝇等害虫。这些害虫会危害小麦的生长，使其产量下降。预防这些害虫主要是采用化学防治、生物防治、物理防治等方法。