蓝藻基本上按英国藻类学家FE弗里奇的分类系统，分为色球藻目Chroococcales宽球藻目Pleurocapsales管胞藻目Chamaesiphonales念珠藻目Nostocales和真枝藻目Stigonemales等5个目常见的蓝藻有单细胞或。

一个原核生物，一个是真核生物，细胞结构差别很大，要说相同点就是在色素的成分方面了，都是含有叶绿素，可以进行光合作用。

周质位于中央质的四周，蓝藻细胞没有分化出载色体等细胞器周质中有光合片层，含叶绿素a藻蓝蛋白phycocyanin藻红蛋白phycoerythrin及一些黄色色素，是光合作用的场所蓝藻细胞壁的主要成分是粘肽peptidoglycan。

运动细胞的鞭毛以及生殖方法等分为若干个独立的门对于分门的看法，也有很大的分歧，我国藻类学家多主张将藻类分为12个门9个主要门金藻门，黄藻门，硅藻门，甲藻门，褐藻门，红藻门，裸藻门，绿藻门，轮藻门，蓝藻门。

组成蓝藻门植物的原核细胞是蓝藻细胞蓝藻细胞内没有真正的细胞核，仅有核质，不具核仁和核膜蓝藻没有叶绿体，但含有藻蓝素呈蓝色，但含量少和叶绿素呈绿色并且含量多，能够进行光合作用蓝藻划分未三个纲，即。

蓝藻门植物的原始特征表现在哪些方面 藻体是单细胞的或群体，丝状体不具鞭毛，不产游动细胞一部分丝状种类能伸缩或左右摆动细胞壁缺乏纤维素，由黏肽含8种氨基酸和二氨基庚二酸以及氨基葡萄糖等组成，壁外常形成黏。

根据藻类细胞内所含不同的色素不同的贮藏物以及植物体的形态构造繁殖方式鞭毛的有无数目着生位置细胞壁成分等方面的差异，一般将藻类分为八个门这里仅就与药用以及分类系统上关系较大的蓝藻门绿藻门。

蓝藻以细胞直接分裂的方法繁殖丝状类型是以形成藻殖段的方法繁殖蓝藻除了进行营养繁殖外，还可以产生孢子，进行无性生殖在丝状类型中颤藻科除外产生厚壁孢子在管孢藻目中，有些种类产生外生孢子或内生孢子绿藻门。

分类 蓝藻Cyanobacteria包括蓝球藻Basketballalgae颤藻Oscillatoriasp念珠藻Nostoc和发菜seaweed蓝藻门分为两纲色球藻纲和藻殖段纲色球藻纲藻体为单细胞体或群体藻殖段纲藻体为丝状体，有藻殖段蓝藻在地球上大约出现。